Kisah CP9

Kru kembali berlayar dan kemudian bertemu dengan bajak laut foxy yang mengajak mereka untuk bermain dalam permainan Davy Back Fight dan yang menjadi pemenangnya adalah Kelompok Bajak Laut Topi Jerami. Kelompok Topi Jerami kemudian bertemu dengan Aokiji, salah satu admiral pemakan buah Hie Hie, setelah bertarung dengannya, kru berlayar kembali menuju Kota Water 7 untuk memperbaiki Going Merry. Emas yang mereka bawa dari Pulau Langit, mereka tukarkan dengan uang sebesar 300 juta Berry, namun dalam perjalanan uang mereka dirampas oleh Franky Family. Di sini mereka menghadapi banyak masalah; masalah terbesar adalah difitnah sebagai dalang percobaan pembunuhan terhadap Walikota Water 7, Iceburg, dan ternyata dalang di balik semua itu adalah agen World Government, CP9, selain itu Nico Robin juga diculik oleh World Government, CP9. Kelompok Topi Jerami memutuskan untuk menyatakan perang dengan pihak World Government dan mengalahkan semua anggota CP9. Karena peristiwa ini, nilai buruan kelompok ini meningkat pesat.
Cerita Davy Back Fight
Cerita Water 7
Cerita Ennies Lobby
Setelah anggota CP9 berhasil membawa Robin dan Franky serta Usop mereka pergi menggunakan kereta api air (Puffing Tom) menuju Kota Pengadilan (Ennies Lobby). Tanpa mereka sadari Shanji berhasil ikut masuk ke Puffing Tom dan mulai mencari Robin untuk menyelamatkannya. Dengan kemampuannya dia berhasil mengalahkan tiap pimpinan gerbong kereta dan berhail membebaskan Franky dan Usopp. Setelah itu ketiganya mencoba menyelamatkan Robin, namun ternyata mereka masih kalah oleh kemampuan Blueno, pemakan buah Doa Doa, yang bisa menciptakan pintu di tempat yang dia inginkan termasuk di udara untuk mengambil Robin kembali. Sesampai di Ennies Lobby mereka bertemu dengan anggota CP9 yang lain, yaitu Fukurou, Jyabura, dan Kumadori, serta pemimpin mereka Spandam. Di lain pihak Luffy dan anggota lain yang menyusul ke Ennies Lobby bertemu Shanji di tengah laut dan bersama-sama menuju Ennies Lobby. Dengan bantuan hewan piaraan dan teman2 Franky, Luffy dan kawan2 akhirnya bisa masuk Ennies Lobby dan bertemu dengan CP9. Pada awal pertemuan Luffy bertemu dengan Blueno yang bisa dikalahkan dengan mudah oleh Luffy. Setelah itu pertempuran antara CP9 dan Luffy dkk.. Luffy vs Luccy, Nami vs Califa, Zoro vs Kaku, Fukurou vs Franky, Usopp (Soge King) vs Jyabura, dan Chopper vs Kumadori. Chopper sempat menjadi raksasa tak terkendali ketika dia memakan 3 Rumble Ball berturut-turut, tapi akhirnya disadarkan oleh Franky. Akhirnya ke semua anggota CP9 bisa dikalahkan oleh Luffy dkk. serta Robin berhasil diselamatkan. Ketika peperangan berakhir Ennies Lobby pun dihancurkan oleh angkatan laut.

Kisah Thriller Bark
Kru Topi Jerami kembali berlayar setelah berhasil meloloskan diri dari Wakil Admiral Monkey D. Garp (Kakek Luffy) dan Admiral Aokiji. Mereka bertemu dengan Brook, tengkorak yang diketahui hidup kembali karena kekuatan buah Yomi Yomi, Luffy menginginkan agar Brook menjadi anggotanya. Brook pun sebenarnya juga ingin menjadi anggota Topi Jerami, tetapi karena bayangannya telah dicuri, Brook tidak bisa keluar dari Floriant Triangle, jika Brook terkena sinar matahari dia akan terbakar atau mati. Kemudian, mereka terperangkap di kapal raksasa bernama Thriller Bark yang merupakan kapal bajak laut yang terbesar buatan gecko moria. Setelah Nami, Usopp, dan Chopper disandera, Luffy malah biasa saja. Mereka menemui banyak Zombie di Thriller Bark. Mereka bertemu Dr. Hogback, dokter yang dikenal telah berjasa besar dalam dunia bedah,Perona sang putri zombie kejutan. Dan akhirnya mereka mengetahui kalau semua zombie di Thriller Bark adalah ciptaan Dr. Hogback dengan bantuan Geckou Moria, salah seorang Shichibukai yang memiliki kekuatan buah Kage Kage untuk mengendalikan bayangan manusia dan bayangan itu dijadikan sebagai penggerak Zombie. Anggota Topi Jerami yang terpencar satu persatu harus menghadapi anak buah Geckou Moria. Sementara itu Odz, iblis raksasa 500 tahun yang lalu, akan dihidupkan kembali oleh Moria dengan menggunakan bayangan milik Luffy, juga Shichibukai lain, Bartholomew Kuma, datang untuk bertemu Moria dan membunuhnya.